透過本計畫進行集水區土砂及溪流生態環境調查，以及水文水理、土砂及溪流生態與棲地改善分析等工作，提供相關單位溪流構造物的工程調適延壽與溪流生態棲地保育建議。
大興溪過去曾發生嚴重土砂災害，造成當地生命財產損失，本計畫藉由現地調查，發現河道構造物主結構狀況皆尚屬良好，在112-113年期間發生的颱風，僅造成少部分近岸崩塌，未對集水區造成大量土砂下移或嚴重影響，然而在地勢較平緩的主流下游處及南北溪交匯處較容易淤積土砂，透過土砂生產收支分析，保守估計約3年左右需進行清疏，以保持足夠的河道斷面空間。
本計畫也進行生態調查，指認出水域、陸域及植物關注物種，魚類包括臺東間爬岩鰍、臺灣白甲魚等受紅皮書框列受脅(NT)等級以上之物種，及河海洄游性魚類；哺乳類及鳥類則有發現 I 級II 級III 級保育類如熊鷹、麝香貓、臺灣水鹿等；植物則有國家紅皮書列名之圓葉挖耳草、垂枝馬尾杉等稀有植物。建議保存上游天然濱岸環境之河道、全段濱岸林地為首要措施，並減少工程擾動，降低對物種和生態系統造成的衝擊。
建議之短期方案為近年南北溪的近岸崩塌位置，進行護岸工程；中長期方案為配合流心控制，適度降挖部分構造物的流心缺口，促進低水河槽發育以及土砂輸送，期能改善溪流縱向連通度，提高水生物種上溯機會，也有利河道中土砂下移至易堆積段方便清淤，期達到防災與生態兼具之集水區永續發展目標。