近年極端降雨頻率越趨頻繁，需重新檢視嘉農溪既有工程構造物防護強度是否充足，且透過生態保育調查，同時確保聚落安全，提出兼顧工程永續與生態保育改善方案。
民國90 年7 月桃芝颱風在花蓮地區降下劇烈的超大豪雨，致使嘉農溪上游集水區多處大面積崩塌及新生蝕溝，集水區的新生崩塌及土砂隨颱風期間的降雨快速運移，導致集水區內多處防砂設施遭掩埋，且大規模的土砂運移更造成下游地區臺鐵鐵路橋、台九線大富橋以及下游大豐、大富兩社區嚴重的災害。
嘉農溪集水區的土砂環境在相關工程保護下已趨於穩定，但土砂災害的發生常起於一場異常劇烈的極端降雨事件，因此相關工程仍需維持其效用，才能避免人民的生命財產安全於極端事件中受到嚴重的損害。
經調查已發現溪流上游都有豐富的保育類物種臺東間爬岩鰍，屬於非洄游性魚種，比較偏獨立性生態系（可能因下游斷流長度太長所致），而針對原生且具族群優勢之物種則為臺灣白甲魚(陸封型)。在陸域調查部分則發現臺灣野山羊、臺灣水鹿、食蟹獴、黃喉貂、臺灣山鷓鴣、麝香貓與臺灣畫眉等保育類動物；有關珍稀植物調查部分則鎖定杉葉馬尾杉(瀕危EN)、大腳桶楠、欖人舅與臺灣白及等較少見之物種。
在防災策略上，既有構造物尚足以因應土砂防災需求，部分防砂設施需再進行檢討確保河防安全，維持既有土砂調控功能；在復育策略應著重在上游各河段如何維持適當之生態棲地，並考量物種在豐水期被沖至中下游後如何提供其短暫避難棲地為主。