紅葉溪流經花蓮縣萬榮鄉紅葉村，集水區地形高差明顯，土砂運送能力旺盛，79年黛特颱風期間沖積扇擠壓導致洪水沖破堤防，導致嚴重水砂溢淹災害，造成當地巨大損失。
紅葉溪集水區經歷黛特、桃芝颱風重創後，林業保育署花蓮分署及相關權責機關已針對本區進行相當完善之治理，為減緩土砂堆積、運移對下游保全住戶之影響，持續於紅葉北溪、南溪設置系列防砂壩設置減緩土砂對下游之影響，完成紅葉南、北溪系列工程整治。
本計畫區之土砂環境在相關工程保護下已趨於穩定，但土砂災害的發生常起於異常劇烈的極端降雨事件，因此相關工程仍需維持其效用，才能避免人民的生命財產安全於極端事件中受到嚴重的損害。
而近年來社會普遍重視溪流生態保育觀念，集水區溪流生態棲地的改善亦已成為政府機關努力的目標，因此無論是極端事件洪水對於溪流生態棲地的破壞，或者是常態水流流狀對於溪流生態棲地的影響，皆是未來本區溪流治理應考量之重點。有鑑於上述問題，本計畫之主要目的係在於透過集水區調查、水文水理分析、土砂特性分析、溪流生態調查及分析等工作，並配合生態保育與國土綠網推動需求，進行溪流生態調查與棲地改善分析，以找出維持工程設施功能、改善生態棲地環境的關鍵課題，進而研擬出既有工程設施(如防砂設施、潛壩、固床工等)之調適或延壽方案，搭配非工程防災作為與溪流生態棲地保育目標與對策，達到防災與生態兼具之集水區永續發展目標。